Im Werkhof Flüelen sind neben der betrieblichen Werkhofinfrastruktur auch die administrative und die technische Leitung der Gebietseinheit zu Hause. Von hier aus wird der betriebliche Unterhalt der Strecke A2 von Beckenried bis Amsteg sowie der A4 von Flüelen bis Brunnen ausgeführt. Im Werkhof Flüelen sind auch die Zentralwerkstatt für den Fahrzeug- und Geräteunterhalt sowie die mechanische Werkstatt, in der sämtliche Ventilatoren des Gotthard-, Seelisberg- und Flüelertunnels revidiert werden.

Vom Stützpunkt Göschenen aus wird der betriebliche Unterhalt der Strecke A2 Amsteg bis Airolo mit dem Gotthardstrassentunnel und der Gotthardpassstrasse Göschenen bis Airolo ausgeführt.

In den Räumen des Stützpunktes Airolo befindet sich die technische Ausrüstung für den Gotthard-Strassentunnel.